Comme pour toute autre procédure chirurgicale, les cicatrices sont inévitables dans le cas des greffes de cheveux. Les cicatrices peuvent être visibles et inélégantes lorsque l'opération est mal réalisée et cicatrise difficilement. Cela peut se produire à la fois dans la zone donneuse et la zone receveuse. Elles sont plus flagrantes lorsque les cheveux sont coupés plus court, limitant fortement les possibilités de coiffures.